JOURNAL COMMUNICATIONS | ARTICLE OPEN 🖨


KUVA: interactive visualization of phylogenetic and sequence data

Andres Veidenberg1 and Ari Loytynoja2

1University of Helsinki, Finland; 2Institute of Biotechnology, Helsinki, Finland

Journal Communications 1, Article number: 1234 | doi:01.1001/jcomms1234

Received 02 Apr 2018 | Accepted 13 May 2018 | Published 06 June 2018

📰 PDF📎 Citation📖 Reprints📈 Article metrics

Abstract


Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Aliquam pellentesque venenatis consectetur. Donec pharetra blandit dignissim. Phasellus felis augue, blandit id egestas quis, iaculis in erat. Morbi tristique ornare tellus, et sodales dolor semper in. Praesent iaculis, odio id sagittis luctus, ante erat pharetra lacus, eget accumsan ligula libero quis est. Duis varius eros in nulla rhoncus, at cursus dui porta. Suspendisse mauris lorem, dapibus id rhoncus et, molestie vel lacus. Sed et elit eget enim bibendum tempus id sit amet arcu. Sed a ultricies nisl. Integer ipsum massa, commodo vitae placerat sit amet, varius consequat ipsum. Suspendisse non mauris a sem placerat vulputate at in lorem. Donec purus ante, eleifend cursus posuere ut, euismod ultrices metus. Nam finibus urna metus. Mauris at vulputate ipsum.

Introduction


Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia Curae; Donec pellentesque nulla enim, in dignissim diam molestie ac. Vestibulum dignissim facilisis turpis, non mollis neque. Curabitur quam turpis, eleifend nec dictum sed, varius sed eros. Aenean fringilla ut sem in venenatis. Duis facilisis dolor sollicitudin dui tempus fringilla. Morbi in rhoncus metus. Curabitur sagittis dictum ex, et placerat sapien interdum in. Nam luctus odio vitae viverra ornare. Nunc at mauris id nisi bibendum faucibus quis in arcu. Aliquam erat volutpat. Donec dapibus dui erat. Donec placerat ligula sed libero dignissim, eu sodales est imperdiet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Sed massa odio, tincidunt ut dolor in, pellentesque semper lectus. In cursus arcu vitae pulvinar finibus. Sed pretium finibus luctus. Morbi sit amet mauris ut tellus porttitor fermentum non tristique metus. Integer finibus tellus in elit tempus, fermentum rutrum odio ultricies. Morbi pulvinar lacus vitae scelerisque gravida. Quisque tellus lectus, tincidunt id laoreet et, auctor non dui. Mauris placerat lacinia velit nec tristique. Nam quis pellentesque sem.

Cras vestibulum erat in gravida scelerisque. Nullam ut dui id ipsum malesuada varius. Quisque molestie placerat vestibulum. Mauris et dapibus libero. Etiam sit amet mi orci. Nunc eget placerat turpis, ut efficitur tellus. Aliquam mattis, nunc sed pulvinar viverra, nulla mauris ultrices odio, non cursus ipsum metus id sem. Fusce in malesuada dui, ornare pretium justo. Maecenas molestie accumsan nisi sed porttitor.

Results


Aliquam sit amet lacus aliquam, pharetra lorem at, finibus lectus. Sed in ipsum ac mi auctor volutpat. Nunc consequat tellus et metus vulputate, quis feugiat dui molestie. Nam molestie nisl sem. Nam scelerisque odio vel justo egestas maximus. Donec dolor libero, efficitur in semper sed, malesuada nec quam. Phasellus viverra leo eu nunc convallis laoreet. Aliquam finibus orci quis augue suscipit, ac laoreet neque mattis. Cum sociis natoque penatibus et magnis dis parturient montes, nascetur ridiculus mus. Quisque et varius lectus, in tempus arcu. Ut sollicitudin, libero a facilisis rutrum, metus nulla ultricies risus, lacinia convallis ipsum risus at nisl. Fusce elementum varius risus, vitae imperdiet turpis lacinia ut.

Figure 1: Comparison of multiple sequence alignments.
Open TRUE Open PRANK Open CLUSTALW Open MUSCLE Open MAFFT

Many evolutionary analyses, such as inference of selection on protein-coding genes shown here, are affected by the quality of multiple sequence alignment but showing the underlying data as static images in publications is rarely meaningful. KUVA can integrate the multiple sequence alignment, the tree and the measurement data in one visualization element that can be either embedded in the web document or opened in a separate pop-up window. KUVA elements can be opened and closed independently, making e.g. comparison of results from different analysis methods easy. The analyses based on the true simulated data as well as data realigned using different alignment programs can opened using the buttons below.

Cras tincidunt dignissim sem a elementum. Sed at hendrerit est. Vivamus mattis tincidunt erat, a blandit justo. Nulla facilisi. Ut sem nisl, ultrices vestibulum aliquet ac, bibendum nec elit. Etiam iaculis, turpis at gravida gravida, neque enim pretium mi, et dictum libero purus nec ante. Nullam sagittis velit sit amet tellus gravida, vel facilisis dolor euismod. Sed tristique pharetra lobortis. Phasellus interdum scelerisque quam volutpat pharetra.

In hendrerit nisi ipsum, nec iaculis dolor bibendum ac. Integer eget nibh vel massa tristique interdum id quis magna. Etiam fermentum ornare massa, ut ultrices nisi scelerisque eget. Aliquam nec suscipit nulla. Donec ullamcorper pellentesque rutrum. Vestibulum accumsan et metus sit amet maximus. Mauris erat ligula, vulputate a purus id, luctus venenatis mi. In nec diam a purus consectetur dapibus. Vestibulum convallis molestie leo at cursus. Proin nec molestie arcu. Nulla a sollicitudin justo, et suscipit arcu. In lacinia magna risus, vitae viverra diam auctor hendrerit. Quisque dictum ante sed mollis gravida. Nunc egestas luctus ante, at maximus massa consequat ut. Pellentesque maximus nisl eget rhoncus scelerisque. Etiam sit amet dui mattis metus ultrices gravida.

Figure 2: Visualization of complex trees.

Large phylogenetic trees are difficult to visualise: colouring and textual annotation may emphasize the clade structure but OTU labels or e.g. bootstrap support values cannot be shown for trees containing more than a few tens of leaves. Those information can be easily visualized with KUVA, however. A KUVA pop-up can include either the phylogenetic tree only or the tree with the underlying multiple sequence alignment. Tree colouring and various annotations can be included using the phyloXML format.

Maecenas sit amet tempor eros, vitae viverra justo. Sed finibus enim quis urna ultrices sodales. Vivamus quis urna ac est mollis pellentesque. Maecenas est eros, hendrerit non mattis at, aliquam in quam. In gravida justo vel accumsan ultricies. Suspendisse varius diam quis libero luctus, eu euismod orci vulputate. In id tempor enim. Aliquam molestie nisl sed dolor ultrices mollis in interdum magna. Nulla eros magna, fringilla vitae ligula a, pellentesque rutrum lacus. Vestibulum maximus lorem ultricies ipsum fermentum mollis. Sed id dolor non est fringilla fermentum sit amet et erat. Mauris vitae eros at ipsum hendrerit consequat. Pellentesque aliquam pulvinar ipsum id placerat. Aliquam erat volutpat. Suspendisse cursus, ante quis ultrices lobortis, mi turpis sollicitudin tortor, sed commodo arcu dui mattis tortor.

Discussion


Aenean ut rhoncus ante. Aenean sit amet consequat leo. Maecenas a neque vel odio ornare ullamcorper eu cursus massa. Nulla vitae tincidunt metus, sit amet congue sapien. Suspendisse potenti. Suspendisse potenti. Mauris rutrum vulputate ligula. Aenean cursus ullamcorper vehicula. Donec scelerisque luctus interdum. Praesent rutrum dapibus odio eu iaculis.

Nam a luctus urna. Aenean eget dapibus lectus. Donec lobortis varius auctor. Phasellus commodo dui purus, eu fringilla arcu vulputate sed. Proin sodales pellentesque ex vitae viverra. Cras vitae leo a ligula congue molestie vitae vitae nibh. Donec imperdiet hendrerit feugiat. Pellentesque pulvinar ipsum at eros vestibulum laoreet. Nunc blandit, metus quis iaculis ultricies, leo enim porttitor dolor, quis elementum sem dui at ipsum. Sed tincidunt sit amet turpis nec sagittis. Ut vestibulum, felis sed mattis vulputate, massa dui pretium eros, at congue nulla ante non lectus. Proin sed magna vitae neque accumsan lobortis.